福建省微生物研究所创建于1955年，是我国较早建立的从事微生物药物研究机构。历年来承担国家、部、省重点科技项目，先后研制成功了庆大霉素、环孢素、雷帕霉素、胞必佳等十多种重要医药品种，发展了我国医药工业，创造了显著的经济效益和社会效益，形成了从小单孢菌中寻找新药物和从微生物中寻找新型免疫调节剂的研究特色，成为我国抗生素研究骨干科研机构之一。 

现有职工108人，其中科技人员78人。建有国家重点实验室、省重点实验室、工程研究中心和1个中外合作的药业公司，研究条件日臻完善。2005年以来，我所共承担省部级以上科研项目31项，获1项福建省科学技术奖一等奖，2本国家新药证书、2个新药临床批件和4个药品注册批件，申请8个发明专利，并在省级以上刊物发表论文70余篇，5篇被SCI收录，出版科技专著1部。目前正承担2项国家“十一五”科技重大专项项目，开展有我国自主知识产权的微生物新药的筛选研究。

研究所与国内外医药科研机构、高等院校和制药企业建立了广泛、紧密的交流合作关系，开展科技联盟，联合培养硕、博士研究生，并积极开展产学研合作，创办福建科瑞药业有限公司，推进医药科技成果财产化，不断增加科技创新和成果转化能力，为发展我国的医药事业而不懈努力。